El Servicio de Control Interno (SCI) se sustenta en el Artículo 209 de los Estatutos de la Universidad de Córdoba y se encarga, mediante una labor técnica, profesional y objetiva, del control y asesoramiento sobre la correcta utilización y destino de los recursos económicos y financieros públicos de la Universidad de Córdoba, proponiendo las recomendaciones que se consideren necesarias para la mejora de la transparencia, eficacia, eficiencia y economía en la gestión económico-financiera y patrimonial, con el fin de asegurar que esta gestión se ajusta a las disposiciones aplicables en cada caso.
El SCI desarrolla sus funciones mediante las correspondientes técnicas de auditoría, bajo la inmediata dependencia del Rector.